Kantor Imigrasi Kelas I TPI Jakarta Timur memiliki 5 Sub Seksi diantaranya, Sub Bagian Tata Usaha, Sub Seksi Intelejen Dan Penindakan, Sub Seksi Izin Tinggal Dan Status Keimigrasian, Sub Seksi Lalu Lintas Keimigrasian serta Sub Seksi Teknologi Informasi Dan Komunikasi Keimigrasian.